9月中旬，中國大陸無預警宣佈暫停進口台灣釋迦與蓮霧兩款水果，台灣政府在獲悉消息時曾表示，在九月底前，若中國方面沒有正式回應，將考慮尋求世界貿易組織（WTO）解決。
台灣農委會主委陳吉仲周五（10月1日）在台立法院向媒體證實，因為未收到中國海關正式回應，已經將申訴書送抵日內瓦的台灣駐WTO代表處，預計11月會向WTO的食品安全檢驗及動植物防疫檢疫（SPS）委員會例會提出申訴。
中國大陸國台辦之前一再強調，暫緩台灣水果進口純粹是防範蟲害，保護大陸農產品，與政治無關。
分析稱，聯合國和世貿這樣的全球大型組織仲裁機制日漸式微。以WTO為例，近年來在處理會員國貿易爭端，都因體制官僚化以及政治因素，造成相關申訴裹足不前。
因此，台灣向WTO申訴可能是仿效澳洲投訴中國，以申訴做為談判籌碼，向北京施加談判壓力。但是從中方的強硬外交戰略以及兩岸的緊張關係判斷，中方是否會與台灣就水果禁令坐上談判桌仍是個大問號。
台灣的申訴理由
台灣媒體報導稱，此次申訴若如期遞出，將是台灣首次就農業貿易問題在WTO提出爭端解決的要求。
台灣農委會之前向台媒說，中國海關禁止台灣水果進口，「涉違反不歧視原則，超過保護標準，且似未公布相關法規，可能違反SPS協定條文。」其中提及的相關條文包括，第二條基本權利與義務，以及第五條風險評估及適當的檢驗或防疫保護水準的決定。
台灣農委會說，將比照澳洲向WTO申訴案例。
根據WTO程序，有會員申訴後，首先會是30至60日的要求諮詢階段，投訴方可以要求設立委員會，委員會召開聆訊、搜集證據並就爭端作裁決，由搜證到有結果，過程大約需時180日。然後該委員會作出決定。
委員會的決定只有在所有成員國同意的情況，才可以推翻，否則將自動生效。
申訴耗時耗力，即使申訴成功在執行上也有困難，這逐漸讓WTO仲裁的效力式微。許多國家都選擇通過政治談判解決類似貿易糾紛。
申訴是為了開啟談判？
以澳洲與中國的貿易糾紛作為比較，今年中，澳洲政府對中國祭出的葡萄酒反傾銷稅，向WTO提出申訴，此案至今仍在審理中。
當時澳大利亞外交部長佩恩便公開表示，提出這樣的申訴才能「促進兩國雙邊會談」。
換言之，在WTO提出的申訴，是用來當作政治談判施壓的籌碼，大於實質要求對方接受仲裁。亦即世貿仲裁機制會成為一種外交施壓，迫使對方進入談判。
2018年7月，美中貿易戰正酣之際，中國與美國透過世貿起訴彼此，也是用來對彼此外交施加壓力之手段。
分析台灣處境，今年初台灣鳳梨遭禁時，台智庫中華經濟研究院WTO及RTA中心李淳博士便向台媒央廣表示，以協商優先，向WTO提起申訴為最後選項是比較合適的辦法，因為申訴將花上1年甚至1年半的時間。
李淳說，台灣可參考澳洲之前做法，「以協商為主，不排除申訴為輔，借此表態，顯示我方積極捍衛權利，進而作為談判籌碼……重點是要解決問題，而非真的興訟。」。
他又強調，中國大陸並不希望看到在WTO出現兩岸互告的情況，原因是大陸並不樂見台灣與其在同樣的國際平台上「平起平坐」。
但是，外界分析，在中方強硬的「戰狼外交」手段以及兩岸關係不睦的背景下，台灣要以提出WTO申訴為壓力，希望中方坐上談判桌，並不容易。
曾替WTO做法律諮詢工作的香港大學法律系副教授詹姆斯·弗萊（James Fry）曾對BBC中文解釋，貿易糾紛涉及強國，政治因素下令WTO的仲裁機制很難解決這些國家的紛爭。
這也讓區域間，較小範圍的自由貿易協商機制，譬如跨太平洋伙伴全面進步協定（CPTPP）或區域全面經濟伙伴協定（RECP）的重要性突出。
但目前，台灣尚未加入由中國主導的RECP及日澳的CPTPP，僅能向巨型組織WTO提出申訴。
香港大學經濟學者陳衡也曾告訴BBC，地區國家互相較為熟悉，較容易協商，小範圍的國際組織能更好保護國家的利益。大型多邊主義組織不是特別有效。「進入一個大網絡，你說不清誰受益、誰受損。」。
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